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Commit 9971403

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1 parent 15c898b commit 9971403

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‎other/experiments/create_interface_with_min_energy_by_miller_indices.ipynb‎

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"File \u001B[0;32m~/code/GREEN/api-examples/other/experiments/src/pymatgen_coherent_interface_builder.py:15\u001B[0m\n\u001B[1;32m 12\u001B[0m \u001B[38;5;28;01mfrom\u001B[39;00m \u001B[38;5;21;01mscipy\u001B[39;00m\u001B[38;5;21;01m.\u001B[39;00m\u001B[38;5;21;01mlinalg\u001B[39;00m \u001B[38;5;28;01mimport\u001B[39;00m polar\n\u001B[1;32m 14\u001B[0m \u001B[38;5;28;01mimport\u001B[39;00m \u001B[38;5;21;01mpymatgen\u001B[39;00m\n\u001B[0;32m---> 15\u001B[0m \u001B[38;5;28;01mfrom\u001B[39;00m \u001B[38;5;21;01mpymatgen\u001B[39;00m\u001B[38;5;21;01m.\u001B[39;00m\u001B[38;5;21;01manalysis\u001B[39;00m\u001B[38;5;21;01m.\u001B[39;00m\u001B[38;5;21;01minterfaces\u001B[39;00m\u001B[38;5;21;01m.\u001B[39;00m\u001B[38;5;21;01mzsl\u001B[39;00m \u001B[38;5;28;01mimport\u001B[39;00m ZSLGenerator\n\u001B[1;32m 16\u001B[0m \u001B[38;5;28;01mfrom\u001B[39;00m \u001B[38;5;21;01mpymatgen\u001B[39;00m\u001B[38;5;21;01m.\u001B[39;00m\u001B[38;5;21;01mcore\u001B[39;00m\u001B[38;5;21;01m.\u001B[39;00m\u001B[38;5;21;01mstructure\u001B[39;00m \u001B[38;5;28;01mimport\u001B[39;00m Structure\n\u001B[1;32m 17\u001B[0m \u001B[38;5;28;01mfrom\u001B[39;00m \u001B[38;5;21;01mpymatgen\u001B[39;00m\u001B[38;5;21;01m.\u001B[39;00m\u001B[38;5;21;01manalysis\u001B[39;00m\u001B[38;5;21;01m.\u001B[39;00m\u001B[38;5;21;01melasticity\u001B[39;00m\u001B[38;5;21;01m.\u001B[39;00m\u001B[38;5;21;01mstrain\u001B[39;00m \u001B[38;5;28;01mimport\u001B[39;00m Deformation\n",
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"File \u001B[0;32m~/code/GREEN/api-examples/.venv/lib/python3.11/site-packages/pymatgen/analysis/interfaces/__init__.py:5\u001B[0m\n\u001B[1;32m 1\u001B[0m \u001B[38;5;124;03m\"\"\"Module that implements various algorithms related to interface construction and analysis.\"\"\"\u001B[39;00m\n\u001B[1;32m 3\u001B[0m \u001B[38;5;28;01mfrom\u001B[39;00m \u001B[38;5;21;01m__future__\u001B[39;00m \u001B[38;5;28;01mimport\u001B[39;00m annotations\n\u001B[0;32m----> 5\u001B[0m \u001B[38;5;28;01mfrom\u001B[39;00m \u001B[38;5;21;01mpymatgen\u001B[39;00m\u001B[38;5;21;01m.\u001B[39;00m\u001B[38;5;21;01manalysis\u001B[39;00m\u001B[38;5;21;01m.\u001B[39;00m\u001B[38;5;21;01minterfaces\u001B[39;00m\u001B[38;5;21;01m.\u001B[39;00m\u001B[38;5;21;01mcoherent_interfaces\u001B[39;00m \u001B[38;5;28;01mimport\u001B[39;00m CoherentInterfaceBuilder\n\u001B[1;32m 6\u001B[0m \u001B[38;5;28;01mfrom\u001B[39;00m \u001B[38;5;21;01mpymatgen\u001B[39;00m\u001B[38;5;21;01m.\u001B[39;00m\u001B[38;5;21;01manalysis\u001B[39;00m\u001B[38;5;21;01m.\u001B[39;00m\u001B[38;5;21;01minterfaces\u001B[39;00m\u001B[38;5;21;01m.\u001B[39;00m\u001B[38;5;21;01msubstrate_analyzer\u001B[39;00m \u001B[38;5;28;01mimport\u001B[39;00m SubstrateAnalyzer, SubstrateMatch\n\u001B[1;32m 7\u001B[0m \u001B[38;5;28;01mfrom\u001B[39;00m \u001B[38;5;21;01mpymatgen\u001B[39;00m\u001B[38;5;21;01m.\u001B[39;00m\u001B[38;5;21;01manalysis\u001B[39;00m\u001B[38;5;21;01m.\u001B[39;00m\u001B[38;5;21;01minterfaces\u001B[39;00m\u001B[38;5;21;01m.\u001B[39;00m\u001B[38;5;21;01mzsl\u001B[39;00m \u001B[38;5;28;01mimport\u001B[39;00m ZSLGenerator, ZSLMatch\n",
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"File \u001B[0;32m~/code/GREEN/api-examples/.venv/lib/python3.11/site-packages/pymatgen/analysis/interfaces/coherent_interfaces.py:14\u001B[0m\n\u001B[1;32m 12\u001B[0m \u001B[38;5;28;01mfrom\u001B[39;00m \u001B[38;5;21;01mpymatgen\u001B[39;00m\u001B[38;5;21;01m.\u001B[39;00m\u001B[38;5;21;01manalysis\u001B[39;00m\u001B[38;5;21;01m.\u001B[39;00m\u001B[38;5;21;01melasticity\u001B[39;00m\u001B[38;5;21;01m.\u001B[39;00m\u001B[38;5;21;01mstrain\u001B[39;00m \u001B[38;5;28;01mimport\u001B[39;00m Deformation\n\u001B[1;32m 13\u001B[0m \u001B[38;5;28;01mfrom\u001B[39;00m \u001B[38;5;21;01mpymatgen\u001B[39;00m\u001B[38;5;21;01m.\u001B[39;00m\u001B[38;5;21;01manalysis\u001B[39;00m\u001B[38;5;21;01m.\u001B[39;00m\u001B[38;5;21;01minterfaces\u001B[39;00m\u001B[38;5;21;01m.\u001B[39;00m\u001B[38;5;21;01mzsl\u001B[39;00m \u001B[38;5;28;01mimport\u001B[39;00m ZSLGenerator, fast_norm\n\u001B[0;32m---> 14\u001B[0m \u001B[38;5;28;01mfrom\u001B[39;00m \u001B[38;5;21;01mpymatgen\u001B[39;00m\u001B[38;5;21;01m.\u001B[39;00m\u001B[38;5;21;01mcore\u001B[39;00m\u001B[38;5;21;01m.\u001B[39;00m\u001B[38;5;21;01minterface\u001B[39;00m \u001B[38;5;28;01mimport\u001B[39;00m Interface, label_termination\n\u001B[1;32m 15\u001B[0m \u001B[38;5;28;01mfrom\u001B[39;00m \u001B[38;5;21;01mpymatgen\u001B[39;00m\u001B[38;5;21;01m.\u001B[39;00m\u001B[38;5;21;01mcore\u001B[39;00m\u001B[38;5;21;01m.\u001B[39;00m\u001B[38;5;21;01msurface\u001B[39;00m \u001B[38;5;28;01mimport\u001B[39;00m SlabGenerator\n\u001B[1;32m 17\u001B[0m \u001B[38;5;28;01mif\u001B[39;00m TYPE_CHECKING:\n",
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"File \u001B[0;32m~/code/GREEN/api-examples/.venv/lib/python3.11/site-packages/pymatgen/core/interface.py:19\u001B[0m\n\u001B[1;32m 16\u001B[0m \u001B[38;5;28;01mfrom\u001B[39;00m \u001B[38;5;21;01mscipy\u001B[39;00m\u001B[38;5;21;01m.\u001B[39;00m\u001B[38;5;21;01mcluster\u001B[39;00m\u001B[38;5;21;01m.\u001B[39;00m\u001B[38;5;21;01mhierarchy\u001B[39;00m \u001B[38;5;28;01mimport\u001B[39;00m fcluster, linkage\n\u001B[1;32m 17\u001B[0m \u001B[38;5;28;01mfrom\u001B[39;00m \u001B[38;5;21;01mscipy\u001B[39;00m\u001B[38;5;21;01m.\u001B[39;00m\u001B[38;5;21;01mspatial\u001B[39;00m\u001B[38;5;21;01m.\u001B[39;00m\u001B[38;5;21;01mdistance\u001B[39;00m \u001B[38;5;28;01mimport\u001B[39;00m squareform\n\u001B[0;32m---> 19\u001B[0m \u001B[38;5;28;01mfrom\u001B[39;00m \u001B[38;5;21;01mpymatgen\u001B[39;00m\u001B[38;5;21;01m.\u001B[39;00m\u001B[38;5;21;01manalysis\u001B[39;00m\u001B[38;5;21;01m.\u001B[39;00m\u001B[38;5;21;01madsorption\u001B[39;00m \u001B[38;5;28;01mimport\u001B[39;00m AdsorbateSiteFinder\n\u001B[1;32m 20\u001B[0m \u001B[38;5;28;01mfrom\u001B[39;00m \u001B[38;5;21;01mpymatgen\u001B[39;00m\u001B[38;5;21;01m.\u001B[39;00m\u001B[38;5;21;01mcore\u001B[39;00m\u001B[38;5;21;01m.\u001B[39;00m\u001B[38;5;21;01mlattice\u001B[39;00m \u001B[38;5;28;01mimport\u001B[39;00m Lattice\n\u001B[1;32m 21\u001B[0m \u001B[38;5;28;01mfrom\u001B[39;00m \u001B[38;5;21;01mpymatgen\u001B[39;00m\u001B[38;5;21;01m.\u001B[39;00m\u001B[38;5;21;01mcore\u001B[39;00m\u001B[38;5;21;01m.\u001B[39;00m\u001B[38;5;21;01msites\u001B[39;00m \u001B[38;5;28;01mimport\u001B[39;00m PeriodicSite, Site\n",
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"File \u001B[0;32m~/code/GREEN/api-examples/.venv/lib/python3.11/site-packages/pymatgen/analysis/adsorption.py:18\u001B[0m\n\u001B[1;32m 15\u001B[0m \u001B[38;5;28;01mfrom\u001B[39;00m \u001B[38;5;21;01mscipy\u001B[39;00m\u001B[38;5;21;01m.\u001B[39;00m\u001B[38;5;21;01mspatial\u001B[39;00m \u001B[38;5;28;01mimport\u001B[39;00m Delaunay\n\u001B[1;32m 17\u001B[0m \u001B[38;5;28;01mfrom\u001B[39;00m \u001B[38;5;21;01mpymatgen\u001B[39;00m \u001B[38;5;28;01mimport\u001B[39;00m vis\n\u001B[0;32m---> 18\u001B[0m \u001B[38;5;28;01mfrom\u001B[39;00m \u001B[38;5;21;01mpymatgen\u001B[39;00m\u001B[38;5;21;01m.\u001B[39;00m\u001B[38;5;21;01manalysis\u001B[39;00m\u001B[38;5;21;01m.\u001B[39;00m\u001B[38;5;21;01mlocal_env\u001B[39;00m \u001B[38;5;28;01mimport\u001B[39;00m VoronoiNN\n\u001B[1;32m 19\u001B[0m \u001B[38;5;28;01mfrom\u001B[39;00m \u001B[38;5;21;01mpymatgen\u001B[39;00m\u001B[38;5;21;01m.\u001B[39;00m\u001B[38;5;21;01manalysis\u001B[39;00m\u001B[38;5;21;01m.\u001B[39;00m\u001B[38;5;21;01mstructure_matcher\u001B[39;00m \u001B[38;5;28;01mimport\u001B[39;00m StructureMatcher\n\u001B[1;32m 20\u001B[0m \u001B[38;5;28;01mfrom\u001B[39;00m \u001B[38;5;21;01mpymatgen\u001B[39;00m\u001B[38;5;21;01m.\u001B[39;00m\u001B[38;5;21;01mcore\u001B[39;00m \u001B[38;5;28;01mimport\u001B[39;00m Molecule, Structure\n",
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"File \u001B[0;32m~/code/GREEN/api-examples/.venv/lib/python3.11/site-packages/pymatgen/analysis/graphs.py:29\u001B[0m\n\u001B[1;32m 27\u001B[0m \u001B[38;5;28;01mfrom\u001B[39;00m \u001B[38;5;21;01mpymatgen\u001B[39;00m\u001B[38;5;21;01m.\u001B[39;00m\u001B[38;5;21;01mcore\u001B[39;00m\u001B[38;5;21;01m.\u001B[39;00m\u001B[38;5;21;01mstructure\u001B[39;00m \u001B[38;5;28;01mimport\u001B[39;00m FunctionalGroups\n\u001B[1;32m 28\u001B[0m \u001B[38;5;28;01mfrom\u001B[39;00m \u001B[38;5;21;01mpymatgen\u001B[39;00m\u001B[38;5;21;01m.\u001B[39;00m\u001B[38;5;21;01mutil\u001B[39;00m\u001B[38;5;21;01m.\u001B[39;00m\u001B[38;5;21;01mcoord\u001B[39;00m \u001B[38;5;28;01mimport\u001B[39;00m lattice_points_in_supercell\n\u001B[0;32m---> 29\u001B[0m \u001B[38;5;28;01mfrom\u001B[39;00m \u001B[38;5;21;01mpymatgen\u001B[39;00m\u001B[38;5;21;01m.\u001B[39;00m\u001B[38;5;21;01mvis\u001B[39;00m\u001B[38;5;21;01m.\u001B[39;00m\u001B[38;5;21;01mstructure_vtk\u001B[39;00m \u001B[38;5;28;01mimport\u001B[39;00m EL_COLORS\n\u001B[1;32m 31\u001B[0m \u001B[38;5;28;01mtry\u001B[39;00m:\n\u001B[1;32m 32\u001B[0m \u001B[38;5;28;01mimport\u001B[39;00m \u001B[38;5;21;01migraph\u001B[39;00m\n",
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