-
Notifications
You must be signed in to change notification settings - Fork 0
/
Copy pathgenetico_xml.py
231 lines (191 loc) · 6.17 KB
/
genetico_xml.py
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
228
229
230
231
# Crear XML
def create_xml(var_a, var_b):
# Senal 1
entrada = 'data_in/2019y_3m_14d/17h_25m_23s_data.txt'
# Senal 2
#entrada = 'data_in/2019y_6m_6d/16h_57m_39s_data.txt'
# senal 3
#entrada = 'data_in/12-Nov-2019/16h45m10s-12-Nov-2019.txt'
#entrada = 'data_in/17-Dec-2019/17h39m04s-17-Dec-2019.txt'
#entrada = 'data_in/10-Sep-2019/16h42m53s-10-Sep-2019.txt'
#entrada = 'data_in/22-Oct-2019/16h17m41s-22-Oct-2019.txt'
salida = 'data_out/genetico/res_'+str(var_a)+'_'+str(var_b)+'.txt'#+something
xml = 'xml_in/genetico/'
name = xml+str(var_a)+'_'+str(var_b)+'.xml'
f = open(name, 'w', newline='\n')
# XML struct
f.write('<clamp>\n\n')
# IZHIKEVICH
f.write(' <neuron type="1">\n')
f.write(' <vars>\n')
f.write(' <v val="30.24"/>\n')
f.write(' <u val="-5.5"/>\n')
f.write(' </vars>\n')
f.write(' <params>\n')
f.write(' <a val="0.02"/>\n')
f.write(' <b val="0.2"/>\n')
f.write(' <c val="-50.0"/>\n')
f.write(' <d val="2.0"/>\n')
f.write(' <i val="10.0"/>\n')
f.write(' <method val="3"/>\n')
f.write(' </params>\n')
f.write(' </neuron>\n\n')
# K-K standar
'''
f.write(' <neuron type="6">\n')
f.write(' <vars>\n')
f.write(' <V val="-55.0"/>\n')
f.write(' </vars>\n')
f.write(' <params>\n')
f.write(' <i val="0.0"/>\n')
f.write(' <Cm val="0.02"/>\n')
f.write(' <g_na val="0.0231"/>\n')
f.write(' <g_k val="0.25"/>\n')
f.write(' <g_b val="0.165"/>\n')
f.write(' <g_na_v val="0.11"/>\n')
f.write(' <V_k val="-70.0"/>\n')
f.write(' <V_b val="-58.0"/>\n')
f.write(' <V_na val="40.0"/>\n')
f.write(' <g_na_ttx val="400.0"/>\n')
f.write(' <g_ca val="1.5"/>\n')
f.write(' <k_beta val="15000.0"/>\n')
f.write(' <g_k_tea val="10.0"/>\n')
f.write(' <V_ca val="150.0"/>\n')
f.write(' <beta val="0.00004"/>\n')
f.write(' <g_ca_ca val="0.02"/>\n')
f.write(' <k_s val="50.0"/>\n')
f.write(' <rho val="0.002"/>\n')
f.write(' <method val="3"/>\n')
f.write(' </params>\n')
f.write(' </neuron>\n\n')
'''
# K-K chaotic
'''
f.write(' <neuron type="6">\n')
f.write(' <vars>\n')
f.write(' <V val="-55.0"/>\n')
f.write(' </vars>\n')
f.write(' <params>\n')
f.write(' <i val="0.0"/>\n')
f.write(' <Cm val="0.02"/>\n')
f.write(' <g_na val="0.02"/>\n')
f.write(' <g_k val="0.25"/>\n')
f.write(' <g_b val="0.18"/>\n')
f.write(' <g_na_v val="0.13"/>\n')
f.write(' <V_k val="-70.0"/>\n')
f.write(' <V_b val="-58.0"/>\n')
f.write(' <V_na val="40.0"/>\n')
f.write(' <g_na_ttx val="400.0"/>\n')
f.write(' <g_ca val="1.0"/>\n')
f.write(' <k_beta val="15000.0"/>\n')
f.write(' <g_k_tea val="10.0"/>\n')
f.write(' <V_ca val="150.0"/>\n')
f.write(' <beta val="0.00004"/>\n')
f.write(' <g_ca_ca val="0.01"/>\n')
f.write(' <k_s val="50.0"/>\n')
f.write(' <rho val="0.002"/>\n')
f.write(' <method val="3"/>\n')
f.write(' </params>\n')
f.write(' </neuron>\n\n')
'''
# G-H
'''
f.write(' <neuron type="4">\n')
f.write(' <vars>\n')
f.write(' <v val="30.24"/>\n')
f.write(' </vars>\n')
f.write(' <params>\n')
f.write(' <gca val="4.4"/>\n')
f.write(' <eca val="120"/>\n')
f.write(' <vthca val="-1.2"/>\n')
f.write(' <kca val="0.11"/>\n')
f.write(' <gk val="9"/>\n')
f.write(' <ek val="-80"/>\n')
f.write(' <vthk val="2.0"/>\n')
f.write(' <kk val="0.2"/>\n')
f.write(' <gks val="0.25"/>\n')
f.write(' <vthks val="-27"/>\n')
f.write(' <kks val="0.8"/>\n')
f.write(' <gl val="2.0"/>\n')
f.write(' <el val="-60"/>\n')
f.write(' <c val="1.2"/>\n')
f.write(' <epsilon val="4.9"/>\n')
f.write(' <delta val="0.052"/>\n')
f.write(' <i val="35.6"/>\n')
f.write(' <method val="3"/>\n')
f.write(' </params>\n')
f.write(' </neuron>\n')
'''
# H-R
'''
f.write(' <neuron type="2">\n')
f.write(' <vars>\n')
f.write(' <x val="-0.712841"/>\n')
f.write(' <y val="-1.936880"/>\n')
f.write(' <z val="3.165680"/>\n')
f.write(' </vars>\n')
f.write(' <params>\n')
f.write(' <r val="0.0021"/>\n')
f.write(' <s val="4.0"/>\n')
f.write(' <i val="3.0"/>\n')
f.write(' <method val="3"/>\n')
f.write(' </params>\n')
f.write(' </neuron>\n')
'''
# H-R chaotic
'''
f.write(' <neuron type="2">\n')
f.write(' <vars>\n')
f.write(' <x val="-0.712841"/>\n')
f.write(' <y val="-1.936880"/>\n')
f.write(' <z val="3.165680"/>\n')
f.write(' </vars>\n')
f.write(' <params>\n')
f.write(' <r val="0.0021"/>\n')
f.write(' <s val="4.0"/>\n')
f.write(' <i val="3.281"/>\n')
f.write(' <method val="3"/>\n')
f.write(' </params>\n')
f.write(' </neuron>\n')
'''
# SYNAPSE
f.write(' <synapse_ltom type="2">\n')
f.write(' <g_slow val="0"/>\n')
f.write(' <vth_slow val="40"/>\n')
f.write(' <s_slow val="1.0"/>\n')
f.write(' <k1_slow val="1.0"/>\n')
f.write(' <k2_slow val="0.03"/>\n\n')
# ~~~~~~~~
f.write(' <g_fast val="'+str(var_b)+'"/>\n')
#f.write(' <g_fast val="0.6"/>\n')
f.write(' <vth_fast val="'+str(var_a)+'"/>\n')
#f.write(' <vth_fast val="32.0"/>\n')
#f.write(' <s_fast val="'+str(var_b)+'"/>\n')
f.write(' <s_fast val="5.0"/>\n')
# ~~~~~~~~
f.write(' </synapse_ltom>\n\n')
#f.write(' <synapse_mtol type="1">\n')
#f.write(' <g val="0.4"/>\n')
#f.write(' <antiphase val="1"/>\n')
#f.write(' </synapse_mtol>\n\n')
f.write(' <calib type="0"> </calib>\n\n')
f.write(' <freq val="10000"/>\n\n')
f.write(' <times>\n')
f.write(' <before val="10"/>\n')
f.write(' <duration val="180"/>\n')
f.write(' <after val="10"/>\n')
f.write(' <observation val="10"/>\n')
f.write(' </times>\n\n')
f.write(' <output_channels val="0"/>\n')
f.write(' <input_channels val="0"/>\n')
f.write(' <input_factor val="100"/>\n')
f.write(' <output_factor val="10"/>\n')
f.write(' <imp val="0"/>\n')
f.write(' <drift val="1"/>\n')
f.write(' <sec_per_burst val="0.7"/>\n\n') #-1 senal 1
#f.write(' <sec_per_burst val="2.8"/>\n\n') #-1 senal 1
f.write(' <file val="' +entrada+ '"/>\n')
f.write(' <file_out val="' +salida+ '"/>\n\n')
f.write('</clamp>\n')
f.close()
return name, salida