Perform full SCA analysis on the S1A serine protease dataset: description of results?

[emmabvt]

Peut-être que dans les utilisateurs il y aura des gens peu calés sur le sujet (comme moi), auquel cas il y aurait peut-être un intérêt à montrer ce que permettent de conclure les résultats à chaque étape, et l'importance de tel ou tel paramètre ?

Exemple : Tu m'as expliqué le choix des paramètres de l'étape de filtre c_msa.filter_sequences, et c'est surement quelque chose que vous allez expliquer dans la publication qui accompagnera l'outil, mais peut-être que les utilisateurs seraient contents d'avoir un rappel dans l'exemple full SCA analysis avec à cette étape là une phrase qui indique que libre à chacun de changer tels paramètres et que ceux qui sont ici donnés par défaut sont choisi parce que etc.

Autre exemple : Pour la partie Compute conservation along the MSA de l'exemple, il n'y a pas de description de ce qu'est Di, même s'il est clair que c'est un indice de conservation des acides aminés à chaque position de l'alignement, je ne suis pas certaine que ce soit instinctif pour un testeur curieux mais sans les connaissances minimales.

Bon, en vrai les figures parlent d'elles-mêmes donc pas sure que ce soit vraiment nécessaire, mais si jamais vous avez du temps bonus, peut-être que ça peut rendre l'outil plus accessible aux novices comme moi qui viennent utiliser cocoatree le temps d'une question biologique sans trop de connaissances approfondies en coévolution :)