Skip to content
New issue

Have a question about this project? Sign up for a free GitHub account to open an issue and contact its maintainers and the community.

Sign up for GitHub

By clicking “Sign up for GitHub”, you agree to our terms of service and privacy statement. We’ll occasionally send you account related emails.

Already on GitHub? Sign in to your account

Jump to bottom

It took 5+ seconds to create antisense chain for 766 nucleotides #6854

Open
AlexeyGirin opened this issue Apr 4, 2025 · 0 comments
Open

It took 5+ seconds to create antisense chain for 766 nucleotides #6854

AlexeyGirin opened this issue Apr 4, 2025 · 0 comments
Labels
Antisense Bucket: Antisense related issues Ljubica found bugs Bucket: Bugs found by Ljubica on her daily routine Priority: Low Sequence mode Bucket: Sequence mode related issues Severity: High High level visibility to the user
Milestone
Refined Backlog

Comments

@AlexeyGirin
Copy link
Collaborator

AlexeyGirin commented Apr 4, 2025 •
edited
Loading

Steps to Reproduce

  1. Go to Macro - Flex mode (clean canvas)
  2. Load from HELM:
RNA1{R(G)P.R(T)P.R(C)P.R(T)P.R(A)P.R(C)P.R(T)P.R(C)P.R(T)P.R(A)P.R(A)P.R(T)P.R(G)P.R(T)P.R(G)P.R(A)P.R(T)P.R(G)P.R(C)P.R(T)P.R(G)P.R(G)P.R(G)P.R(A)P.R(T)P.R(T)P.R(G)P.R(A)P.R(A)P.R(T)P.R(T)P.R(T)P.R(T)P.R(C)P.R(C)P.R(T)P.R(A)P.R(G)P.R(G)P.R(A)P.R(C)P.R(T)P.R(C)P.R(C)P.R(G)P.R(T)P.R(T)P.R(T)P.R(C)P.R(A)P.R(A)P.R(G)P.R(G)P.R(T)P.R(T)P.R(A)P.R(A)P.R(T)P.R(T)P.R(C)P.R(G)P.R(A)P.R(A)P.R(A)P.R(G)P.R(T)P.R(C)P.R(T)P.R(T)P.R(G)P.R(T)P.R(G)P.R(G)P.R(A)P.R(A)P.R(G)P.R(A)P.R(T)P.R(C)P.R(T)P.R(G)P.R(G)P.R(A)P.R(A)P.R(G)P.R(A)P.R(A)P.R(A)P.R(C)P.R(A)P.R(G)P.R(G)P.R(T)P.R(A)P.R(T)P.R(T)P.R(A)P.R(A)P.R(G)P.R(T)P.R(C)P.R(A)P.R(T)P.R(G)P.R(A)P.R(T)P.R(G)P.R(C)P.R(A)P.R(G)P.R(G)P.R(A)P.R(A)P.R(T)P.R(C)P.R(T)P.R(G)P.R(C)P.R(G)P.R(A)P.R(C)P.R(A)P.R(G)P.R(A)P.R(G)P.R(A)P.R(C)P.R(A)P.R(A)P.R(T)P.R(A)P.R(A)P.R(G)P.R(C)P.R(A)P.R(A)P.R(C)P.R(A)P.R(G)P.R(T)P.R(T)P.R(C)P.R(A)P.R(A)P.R(T)P.R(G)P.R(A)P.R(A)P.R(T)P.R(C)P.R(A)P.R(A)P.R(A)P.R(A)P.R(T)P.R(G)P.R(G)P.R(A)P.R(A)P.R(T)P.R(G)P.R(A)P.R(G)P.R(C)P.R(A)P.R(C)P.R(T)P.R(C)P.R(T)P.R(A)P.R(A)P.R(G)P.R(C)P.R(A)P.R(G)P.R(C)P.R(C)P.R(A)P.R(A)P.R(T)P.R(T)P.R(A)P.R(G)P.R(A)P.R(T)P.R(G)P.R(T)P.R(T)P.R(G)P.R(G)P.R(C)P.R(A)P.R(G)P.R(C)P.R(A)P.R(G)P.R(A)P.R(G)P.R(A)P.R(T)P.R(G)P.R(G)P.R(A)P.R(A)P.R(G)P.R(A)P.R(T)P.R(C)P.R(A)P.R(A)P.R(G)P.R(T)P.R(G)P.R(G)P.R(T)P.R(G)P.R(A)P.R(C)P.R(A)P.R(C)P.R(C)P.R(A)P.R(G)P.R(C)P.R(T)P.R(C)P.R(T)P.R(G)P.R(A)P.R(A)P.R(G)P.R(T)P.R(A)P.R(A)P.R(G)P.R(C)P.R(A)P.R(C)P.R(A)P.R(G)P.R(T)P.R(A)P.R(G)P.R(A)P.R(A)P.R(C)P.R(T)P.R(G)P.R(C)P.R(T)P.R(G)P.R(C)P.R(A)P.R(T)P.R(C)P.R(T)P.R(G)P.R(C)P.R(A)P.R(A)P.R(C)P.R(A)P.R(A)P.R(C)P.R(A)P.R(G)P.R(C)P.R(A)P.R(G)P.R(G)P.R(C)P.R(T)P.R(C)P.R(T)P.R(C)P.R(C)P.R(A)P.R(G)P.R(G)P.R(C)P.R(A)P.R(G)P.R(C)P.R(A)P.R(A)P.R(G)P.R(A)P.R(C)P.R(A)P.R(A)P.R(C)P.R(T)P.R(T)P.R(C)P.R(T)P.R(T)P.R(T)P.R(T)P.R(A)P.R(C)P.R(A)P.R(G)P.R(C)P.R(A)P.R(G)P.R(C)P.R(A)P.R(A)P.R(A)P.R(C)P.R(A)P.R(A)P.R(G)P.R(T)P.R(G)P.R(G)P.R(A)P.R(T)P.R(T)P.R(G)P.R(A)P.R(A)P.R(A)P.R(T)P.R(C)P.R(T)P.R(C)P.R(C)P.R(T)P.R(A)P.R(A)P.R(G)P.R(A)P.R(G)P.R(C)P.R(A)P.R(G)P.R(T)P.R(G)P.R(A)P.R(T)P.R(A)P.R(A)P.R(A)P.R(C)P.R(A)P.R(G)P.R(A)P.R(G)P.R(A)P.R(C)P.R(C)P.R(A)P.R(C)P.R(T)P.R(G)P.R(C)P.R(A)P.R(G)P.R(G)P.R(T)P.R(G)P.R(C)P.R(C)P.R(T)P.R(G)P.R(T)P.R(G)P.R(T)P.R(C)P.R(A)P.R(G)P.R(T)P.R(G)P.R(G)P.R(C)P.R(C)P.R(A)P.R(T)P.R(G)P.R(A)P.R(T)P.R(G)P.R(A)P.R(C)P.R(T)P.R(C)P.R(C)P.R(C)P.R(C)P.R(A)P.R(G)P.R(G)P.R(T)P.R(G)P.R(A)P.R(T)P.R(C)P.R(A)P.R(C)P.R(C)P.R(C)P.R(C)P.R(T)P.R(C)P.R(A)P.R(G)P.R(C)P.R(A)P.R(A)P.R(A)P.R(T)P.R(G)P.R(C)P.R(A)P.R(G)P.R(C)P.R(A)P.R(G)P.R(A)P.R(T)P.R(C)P.R(C)P.R(T)P.R(T)P.R(C)P.R(A)P.R(G)P.R(C)P.R(A)P.R(A)P.R(C)P.R(A)P.R(A)P.R(G)P.R(T)P.R(C)P.R(C)P.R(T)P.R(G)P.R(T)P.R(C)P.R(T)P.R(C)P.R(C)P.R(T)P.R(C)P.R(A)P.R(G)P.R(C)P.R(A)P.R(G)P.R(C)P.R(T)P.R(A)P.R(C)P.R(A)P.R(A)P.R(G)P.R(C)P.R(C)P.R(C)P.R(T)P.R(T)P.R(C)P.R(T)P.R(C)P.R(C)P.R(A)P.R(A)P.R(C)P.R(A)P.R(A)P.R(C)P.R(A)P.R(G)P.R(C)P.R(A)P.R(G)P.R(G)P.R(C)P.R(T)P.R(G)P.R(T)P.R(C)P.R(A)P.R(T)P.R(G)P.R(C)P.R(T)P.R(G)P.R(C)P.R(A)P.R(G)P.R(C)P.R(A)P.R(G)P.R(C)P.R(A)P.R(A)P.R(C)P.R(A)P.R(A)P.R(C)P.R(T)P.R(A)P.R(C)P.R(A)P.R(A)P.R(G)P.R(A)P.R(G)P.R(T)P.R(T)P.R(T)P.R(T)P.R(A)P.R(C)P.R(A)P.R(A)P.R(G)P.R(A)P.R(A)P.R(A)P.R(C)P.R(A)P.R(G)P.R(C)P.R(A)P.R(A)P.R(G)P.R(A)P.R(G)P.R(C)P.R(A)P.R(G)P.R(T)P.R(T)P.R(A)P.R(C)P.R(A)P.R(T)P.R(C)P.R(T)P.R(T)P.R(C)P.R(A)P.R(G)P.R(C)P.R(T)P.R(T)P.R(T)P.R(T)P.R(G)P.R(C)P.R(A)P.R(G)P.R(C)P.R(A)P.R(G)P.R(C)P.R(A)P.R(G)P.R(C)P.R(A)P.R(G)P.R(C)P.R(A)P.R(A)P.R(C)P.R(A)P.R(G)P.R(C)P.R(A)P.R(G)P.R(C)P.R(A)P.R(G)P.R(C)P.R(A)P.R(G)P.R(C)P.R(A)P.R(A)P.R(C)P.R(A)P.R(A)P.R(C)P.R(A)P.R(G)P.R(C)P.R(A)P.R(G)P.R(C)P.R(A)P.R(A)P.R(C)P.R(A)P.R(A)P.R(C)P.R(A)P.R(G)P.R(C)P.R(A)P.R(G)P.R(C)P.R(A)P.R(G)P.R(C)P.R(A)P.R(A)P.R(C)P.R(A)P.R(A)P.R(C)P.R(A)P.R(A)P.R(C)P.R(A)P.R(A)P.R(C)P.R(A)P.R(A)P.R(C)P.R(A)P.R(G)P.R(C)P.R(A)P.R(G)P.R(C)P.R(A)P.R(A)P.R(C)P.R(A)P.R(A)P.R(C)P.R(A)P.R(G)P.R(C)P.R(A)P.R(G)P.R(C)P.R(A)P.R(G)P.R(C)P.R(A)P.R(G)P.R(C)P.R(A)P.R(G)P.R(C)P.R(A)P.R(A)P.R(C)P.R(A)P.R(G)P.R(C)P.R(A)P.R(G)P.R(C)P.R(A)P.R(G)P.R(C)P.R(A)P.R(G)P.R(C)P.R(A)P.R(G)P.R(C)P.R(A)P.R(A)P.R(C)P.R(A)P.R(G)P.R(C)P.R(A)P.R(T)P.R(C)P.R(C)P.R(T)P.R(G)P.R(G)P.R(A)P.R(A)P.R(A)P.R(G)P.R(C)P.R(A)P.R(A)P.R(G)P.R(C)P.R(G)P.R(A)P.R(A)P.R(A)P.R(G)P.R(A)P.R(G)P.R(C)P.R(A)P.R(G)P.R(C)P.R(A)P.R(G)P.R(C)P.R(A)P.R(G)P.R(C)P.R(A)P.R(G)P.R(C)P.R(A)P.R(G)P.R(C)P.R(A)P.R(G)P.R(C)P.R(A)P.R(G)P.R(C)P.R(A)P.R(A)P.R(C)P.R(A)P.R(G)P.R(C)P.R(A)P.R(A)P.R(T)P.R(T)P.R(G)P.R(G)P.R(C)P.R(A)P.R(G)P.R(C)P.R(C)P.R(C)P.R(A)P.R(G)P.R(C)P.R(A)P.R(G)P.R(C)P.R(T)P.R(T)P.R(G)P.R(T)P.R(C)P.R(T)P.R(T)P.R(C)P.R(C)P.R(A)P.R(G)P.R(C)P.R(A)P.R(G)P.R(C)P.R(A)P.R(G)P.R(C)P.R(T)P.R(T)P.R(C)P.R(T)}$$$$V2.0
  1. Select all monomers, call context menu and click Create Antisense RNA Strand

Actual behavior
It took 5+ seconds to create antisense chain for 766 nucleotides

Expected behavior
It took 1 second to create antisense chain for 766 nucleotides

Versions

  • Ketcher Version 3.3.0-rc.1 Build at 2025-04-02; 09:36:56
  • Indigo Version 1.31.0-rc.1.0-g859747ec7-wasm32-wasm-clang-19.0.0
  • Chrome Version 135.0.7049.42 (Official Build) (64-bit)
  • Win10

Releated issue: #5678
@AlexeyGirin AlexeyGirin added Antisense Bucket: Antisense related issues Priority: Low Sequence mode Bucket: Sequence mode related issues Severity: High High level visibility to the user labels Apr 4, 2025
@AlexeyGirin AlexeyGirin added this to the Refined Backlog milestone Apr 4, 2025
@AlexeyGirin AlexeyGirin added the Ljubica found bugs Bucket: Bugs found by Ljubica on her daily routine label Apr 4, 2025
Sign up for free to join this conversation on GitHub. Already have an account? Sign in to comment
Assignees
No one assigned
Labels
Antisense Bucket: Antisense related issues Ljubica found bugs Bucket: Bugs found by Ljubica on her daily routine Priority: Low Sequence mode Bucket: Sequence mode related issues Severity: High High level visibility to the user
Projects
None yet
Milestone
Refined Backlog
Development

No branches or pull requests
1 participant
@AlexeyGirin