[Bug]: 规则文件删除后重新扫描仍保留失效记录

[legeling]

Area

Rules / project rules

Platform

Windows

What happened?

项目规则文件已从磁盘删除，但在 PromptHub 中再次点击“扫描”后，对应的项目规则仍然保留在列表中，没有同步移除。

截图中的复现对象为：

E:\tmp\AGENTS.md

文件删除后重新扫描，项目规则列表里仍显示 tmp / E:\tmp\AGENTS.md。这会留下已经失效的规则记录，用户无法通过扫描结果判断文件是否仍真实存在。

What did you expect?

重新扫描时应同时处理新增、更新和删除：

• 文件仍存在：新增或更新对应规则；
• 文件已不存在：将对应的扫描记录从列表中移除，或明确标记为“文件不存在/已失效”并提供批量清理操作；
• 手动创建、并非由扫描产生的规则不应被误删。

Steps to reproduce

1. 在项目目录中创建规则文件，例如 E:\tmp\AGENTS.md。
2. 在 PromptHub 的“规则”页面点击“扫描”，确认该项目规则出现在列表中。
3. 在磁盘上删除 E:\tmp\AGENTS.md。
4. 回到 PromptHub 再次点击“扫描”。
5. 观察项目规则列表：已删除的 E:\tmp\AGENTS.md 仍然存在，没有同步移除。

Logs, screenshots, or extra context

截图中重新扫描后，项目规则列表仍显示已经从磁盘删除的 E:\tmp\AGENTS.md。

Before submitting

• I searched existing issues and did not find an obvious duplicate.
• The behavior is reproducible in the current environment.