Repackage GFF code. Remove stub BAM code

Author: lvaruzza

VectorEnconding.txt

@@ -0,0 +1,258 @@
+byte[] encodingVector={
+	0x07 , // 0x0
+	0x07 , // 0x1
+	0x07 , // 0x2
+	0x07 , // 0x3
+	0x07 , // 0x4
+	0x07 , // 0x5
+	0x07 , // 0x6
+	0x07 , // 0x7
+	0x07 , // 0x8
+	0x07 , // 0x9
+	0x07 , // 0xa
+	0x07 , // 0xb
+	0x07 , // 0xc
+	0x07 , // 0xd
+	0x07 , // 0xe
+	0x07 , // 0xf
+	0x07 , // 0x10
+	0x07 , // 0x11
+	0x07 , // 0x12
+	0x07 , // 0x13
+	0x07 , // 0x14
+	0x07 , // 0x15
+	0x07 , // 0x16
+	0x07 , // 0x17
+	0x07 , // 0x18
+	0x07 , // 0x19
+	0x07 , // 0x1a
+	0x07 , // 0x1b
+	0x07 , // 0x1c
+	0x07 , // 0x1d
+	0x07 , // 0x1e
+	0x07 , // 0x1f
+	0x07 , //  
+	0x07 , // !
+	0x07 , // "
+	0x07 , // #
+	0x07 , // $
+	0x07 , // %
+	0x07 , // &
+	0x07 , // '
+	0x07 , // (
+	0x07 , // )
+	0x07 , // *
+	0x07 , // +
+	0x07 , // ,
+	0x07 , // -
+	0x0c , // .
+	0x07 , // /
+	0x08 , // 0
+	0x09 , // 1
+	0x0a , // 2
+	0x0b , // 3
+	0x07 , // 4
+	0x07 , // 5
+	0x07 , // 6
+	0x07 , // 7
+	0x07 , // 8
+	0x07 , // 9
+	0x07 , // :
+	0x07 , // ;
+	0x07 , // <
+	0x07 , // =
+	0x07 , // >
+	0x07 , // ?
+	0x07 , // @
+	0x00 , // A
+	0x07 , // B
+	0x01 , // C
+	0x07 , // D
+	0x07 , // E
+	0x07 , // F
+	0x02 , // G
+	0x07 , // H
+	0x07 , // I
+	0x07 , // J
+	0x07 , // K
+	0x07 , // L
+	0x07 , // M
+	0x07 , // N
+	0x07 , // O
+	0x07 , // P
+	0x07 , // Q
+	0x07 , // R
+	0x07 , // S
+	0x03 , // T
+	0x07 , // U
+	0x07 , // V
+	0x07 , // W
+	0x07 , // X
+	0x07 , // Y
+	0x07 , // Z
+	0x07 , // [
+	0x07 , // \
+	0x07 , // ]
+	0x07 , // ^
+	0x07 , // _
+	0x07 , // `
+	0x00 , // a
+	0x07 , // b
+	0x01 , // c
+	0x07 , // d
+	0x07 , // e
+	0x07 , // f
+	0x02 , // g
+	0x07 , // h
+	0x07 , // i
+	0x07 , // j
+	0x07 , // k
+	0x07 , // l
+	0x07 , // m
+	0x07 , // n
+	0x07 , // o
+	0x07 , // p
+	0x07 , // q
+	0x07 , // r
+	0x07 , // s
+	0x03 , // t
+	0x07 , // u
+	0x07 , // v
+	0x07 , // w
+	0x07 , // x
+	0x07 , // y
+	0x07 , // z
+	0x07 , // {
+	0x07 , // |
+	0x07 , // }
+	0x07 , // ~
+	0x07 , // 0x7f
+	0x07 , // 0x80
+	0x07 , // 0x81
+	0x07 , // 0x82
+	0x07 , // 0x83
+	0x07 , // 0x84
+	0x07 , // 0x85
+	0x07 , // 0x86
+	0x07 , // 0x87
+	0x07 , // 0x88
+	0x07 , // 0x89
+	0x07 , // 0x8a
+	0x07 , // 0x8b
+	0x07 , // 0x8c
+	0x07 , // 0x8d
+	0x07 , // 0x8e
+	0x07 , // 0x8f
+	0x07 , // 0x90
+	0x07 , // 0x91
+	0x07 , // 0x92
+	0x07 , // 0x93
+	0x07 , // 0x94
+	0x07 , // 0x95
+	0x07 , // 0x96
+	0x07 , // 0x97
+	0x07 , // 0x98
+	0x07 , // 0x99
+	0x07 , // 0x9a
+	0x07 , // 0x9b
+	0x07 , // 0x9c
+	0x07 , // 0x9d
+	0x07 , // 0x9e
+	0x07 , // 0x9f
+	0x07 , // 0xa0
+	0x07 , // 0xa1
+	0x07 , // 0xa2
+	0x07 , // 0xa3
+	0x07 , // 0xa4
+	0x07 , // 0xa5
+	0x07 , // 0xa6
+	0x07 , // 0xa7
+	0x07 , // 0xa8
+	0x07 , // 0xa9
+	0x07 , // 0xaa
+	0x07 , // 0xab
+	0x07 , // 0xac
+	0x07 , // 0xad
+	0x07 , // 0xae
+	0x07 , // 0xaf
+	0x07 , // 0xb0
+	0x07 , // 0xb1
+	0x07 , // 0xb2
+	0x07 , // 0xb3
+	0x07 , // 0xb4
+	0x07 , // 0xb5
+	0x07 , // 0xb6
+	0x07 , // 0xb7
+	0x07 , // 0xb8
+	0x07 , // 0xb9
+	0x07 , // 0xba
+	0x07 , // 0xbb
+	0x07 , // 0xbc
+	0x07 , // 0xbd
+	0x07 , // 0xbe
+	0x07 , // 0xbf
+	0x07 , // 0xc0
+	0x07 , // 0xc1
+	0x07 , // 0xc2
+	0x07 , // 0xc3
+	0x07 , // 0xc4
+	0x07 , // 0xc5
+	0x07 , // 0xc6
+	0x07 , // 0xc7
+	0x07 , // 0xc8
+	0x07 , // 0xc9
+	0x07 , // 0xca
+	0x07 , // 0xcb
+	0x07 , // 0xcc
+	0x07 , // 0xcd
+	0x07 , // 0xce
+	0x07 , // 0xcf
+	0x07 , // 0xd0
+	0x07 , // 0xd1
+	0x07 , // 0xd2
+	0x07 , // 0xd3
+	0x07 , // 0xd4
+	0x07 , // 0xd5
+	0x07 , // 0xd6
+	0x07 , // 0xd7
+	0x07 , // 0xd8
+	0x07 , // 0xd9
+	0x07 , // 0xda
+	0x07 , // 0xdb
+	0x07 , // 0xdc
+	0x07 , // 0xdd
+	0x07 , // 0xde
+	0x07 , // 0xdf
+	0x07 , // 0xe0
+	0x07 , // 0xe1
+	0x07 , // 0xe2
+	0x07 , // 0xe3
+	0x07 , // 0xe4
+	0x07 , // 0xe5
+	0x07 , // 0xe6
+	0x07 , // 0xe7
+	0x07 , // 0xe8
+	0x07 , // 0xe9
+	0x07 , // 0xea
+	0x07 , // 0xeb
+	0x07 , // 0xec
+	0x07 , // 0xed
+	0x07 , // 0xee
+	0x07 , // 0xef
+	0x07 , // 0xf0
+	0x07 , // 0xf1
+	0x07 , // 0xf2
+	0x07 , // 0xf3
+	0x07 , // 0xf4
+	0x07 , // 0xf5
+	0x07 , // 0xf6
+	0x07 , // 0xf7
+	0x07 , // 0xf8
+	0x07 , // 0xf9
+	0x07 , // 0xfa
+	0x07 , // 0xfb
+	0x07 , // 0xfc
+	0x07 , // 0xfd
+	0x07 , // 0xfe
+	0x07  // 0xff
+};

copy-test-data-to-hadoop.sh

@@ -0,0 +1,2 @@
+hadoop dfs -mkdir /home/varuzza/data
+hadoop dfs -copyFromLocal data/fastaqual /home/varuzza/data/fastaqual