【周刊】第 162 期

[NiEntropy]

生信爱好者周刊（第 162 期）：

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本周话题：

• 【推荐】话题/博文资讯 | Nature：产生突破性科学发现最简单高效的方法 #2615

生信研究

• 【推荐】生信研究 | Nat Methods：西湖大学团队开发可在人体中追踪细胞前世今生的新工具 #2777 1
  【推荐】生信研究 | NAR | 强大的泛癌单细胞多组学在线分析工具scCancerExplorer #2610 2
  【推荐】生信研究 | The Innovation | 精准用药，基因先行：首个中国人药物基因组学图谱 #2722 3

博文资讯

• 【推荐】博文资讯 | 生命演化的八大“变形记”：从简单到复杂的漫长之旅 #2614 4
  【推荐】博文资讯 | AlphaFold3开源了 #2579 5
  【推荐】博文资讯 | 教程|使用conda安装AlphaFold3环境与使用 #2605 6

工具

• 【推荐】工具 | GCAS：基于GEO数据库整理的多种癌症的综合分析工具（R包/app） #2799 7
  【推荐】工具 | https://github.com/saezlab/progeny #2442 8
  【推荐】博文资讯 | 「R绘图模板」跟着Cell学绘图—双分组倾斜火山图！！！ #2539 9

资源

• 【推荐】资源推荐 | 读樊龙江老师新编教材《单细胞组学基础》 #2731 10

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（完）

[Wangcy-rachel]

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[Wangcy-rachel]

1、Nat Methods | 西湖大学团队开发非侵入式谱系追踪的新工具

文章开发了一款谱系追踪新计算工具 MethylTree。MethylTree无需基因编辑，就可以精准地、以多组学的方式追踪细胞谱系，开启了非侵入式谱系追踪的新篇章。

• 文章链接：https://www.nature.com/articles/s41592-024-02567-1

3、The Innovation | 精准用药，基因先行：首个中国人药物基因组学图谱

文章利用来自全国的206,640名中国个体的低深度全基因组测序数据，成功绘制了首个中国人药物基因组图谱，并构建了相关数据库，方便公开免费访问查询。

• 文章链接：https://doi.org/10.1016/j.xinn.2024.100773

5、AlphaFold3开源了

谷歌 DeepMind 宣布最新版 AI 蛋白质结构预测工具 AlphaFold3 正式开源，科学家们可以下载其底层代码，并将其应用于非商业领域。

[ShixiangWang]

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[ShixiangWang]

7、GCAS｜基于GEO数据库整理的多种癌症的综合分析工具

GEO癌症分析套件（GCAS）是一个多功能的R包，旨在分析和可视化癌症研究中的基因表达数据。GCAS允许对正常样本和肿瘤样本之间的基因表达进行比较、相关性分析、免疫浸润分析、差异表达分析、共表达分析和富集分析。它包含一个Shiny应用程序，用于交互式可视化，也可以直接在R环境中用于高级脚本编写。GCAS非常适合希望高效、有效地探索癌症基因组数据的研究人员、临床医生和生物信息学家。

9、跟着Cell学绘图—双分组倾斜火山图

文章介绍了如何利用 R 绘制双分组倾斜火山图。