Re-order-profilings-columns-v2.r

args<-commandArgs(TRUE)

data <- read.table(args[1],header=T)  # Sometimes You have to use this one! For problems above ! I dont  know why

# this order is the same as the figure 1a of my paper, MRL_synteny tree

myorder <- c(
'ppe',
'pmu',
'pbr',
'Mald',
'fve',
'Rchi',
'roc',
'Dryd',
'Tori',
'Pand',
'Mnot',
'Zjuj',
'csa',
'cme',
'cla',
'Cuma',
'Datg',
'Begf',
'vra',
'van',
'pvu',
'gma',
'cca',
'tpr',
'mtr',
'car',
'lja',
'Lang',
'Anan',
'adu',
'Cgla',
'Bpen',
'Cill',
'Qrob',
'bol',
'bnp',
'bra',
'spa',
'tsa',
'thh',
'cru',
'Csat',
'ath',
'Alyr',
'Bost',
'Lmey',
'Alp',
'aar',
'tha',
'cgy',
'cpa',
'Goba',
'Ghir',
'gra',
'Dzib',
'tca',
'csi',
'Cmax',
'Xsor',
'rco',
'mes',
'ptr',
'lus',
'egr',
'Pgra',
'spe',
'sly',
'stu',
'Cach',
'Caba',
'can',
'pax',
'Inil',
'Cuca',
'coc',
'sin',
'mgu',
'Oeur',
'Lsat',
'HanX',
'dca',
'ach',
'Aeri',
'bvu',
'Cqui',
'Ahyp',
'Kalf',
'Mole',
'vvi',
'nnu',
'Psom',
'Mcor',
'Aqco',
'Peam',
'CKAN',
'Lchi',
'Trdc',
'HORV',
'bdi',
'osa',
'ogl',
'oru',
'Opun',
'lpe',
'Zmay',
'Sacc',
'sbi',
'sit',
'Sevi',
'Ecru',
'oth',
'aco',
'mac',
'egu',
'Pdac',
'peq',
'Ashe',
'Aoff',
'Xvis',
'zom',
'spo',
'Nymp',
'atr')

reorder <- data[,order(match(colnames(data),myorder))]

outname <- paste0(args[1],"_columns_reordered")

write.table(reorder,outname,col.names =NA,quote=F) # export output