feat: unify .agents full architecture and v3 beta migration

[MisonL]

背景

本 PR 实现统一 full 目录体系：项目只维护 .agents（Canonical），并自动生成 .agent / .gemini 兼容投影；同时完成 legacy 迁移与 beta 预发布配套。

规划对齐矩阵（v3 Full）

• 1. 受管证据识别收敛：仅认 .agents/manifest.json、托管 .codex manifest、.agent/.ag-kit-projection.json、.gemini/.ag-kit-projection.json、.gemini/agents/ag-kit-*.md。
• 2. 消除误判：非受管 .agent/.gemini 与仅存在空 .agents 不再判定为 installed。
• 3. 一次性自动迁移：init/update/update-all/doctor --fix 首轮触发，状态文件 ~/.ag-kit/migrations/v3.json（支持 AG_KIT_MIGRATION_STATE_PATH）。
• 4. 自动迁移幂等：已迁移工作区不重复迁移；失败项不中断整体，成功项照常落状态。
• 5. CLI 参数对齐：ag-kit update 正式支持 --non-interactive。
• 6. 状态输出对齐：ag-kit status 补充 Auto-Migration(v3): done|pending。
• 7. 仓库单源收敛：内置模板仅 .agents/**；发布白名单移除 .agent/**。
• 8. Context7 主备约定：context7 + context7_backup，并约定主失败再备；示例配置移除 values。
• 9. 文档一致性：README、docs/migration-v3-beta.md、docs/operations.md 同步 CLI 真实行为。
• 10. 验收通过：bun run test、bun run health-check 全通过。

核心改动

1. CLI 统一 full 语义

• ag-kit init/update 默认 full。
• --target gemini|codex 保留兼容，但内部归一为 full。
• 冲突交互仅在真实“非托管冲突”时触发，托管投影不再重复询问。

2. 适配器与迁移

• CodexAdapter 升级为 full 主适配器：
  • .agents 原子更新 + manifest v3。
  • .agent / .gemini 投影同步。
  • 仅清理托管 legacy .codex；非托管 .codex 保留。
• 新增受管证据模块：统一判定 canonical/projection/legacy 信号。

3. MCP

• 同步 Context7 主备：context7 + context7_backup。
• .gemini/settings.json 采用合并策略，保留用户非托管字段。

4. 文档与版本

• 新增迁移手册：docs/migration-v3-beta.md。
• 更新 README.md、docs/operations.md、docs/multi-target-adapter.md、docs/mapping-spec.md。
• 版本提升为 3.0.0-beta.0。

验证

已执行并通过：

bun run test
bun run health-check
npm pack --dry-run

发布状态

• npm beta 已发布：@mison/ag-kit-cn@3.0.0-beta.0
• GitHub prerelease：v3.0.0-beta.0