Review MRPS7 #33
Review MRPS7 #33
Conversation
| return sum(amino_acid_weights.get(aa, 0) for aa in self._sequence) | ||
|
|
There was a problem hiding this comment.
Код не учитывает потерю воды при образовании аминокислотной цепи. Например,
water_mw = 18
for aa in list_input_seq:
total_mw = sum(aa_weight_dict[a] for a in list_input_seq)
mw_water_removed = (total_mw - (water_mw * (len(list_input_seq)-1)))
return mw_water_removed
There was a problem hiding this comment.
Отличное замечание. Я бы его еще оформил с подсветкой синтаксиса:
| gc_count = sum(base in {'G', 'C'} for base in self._sequence) | ||
| return gc_count / len(self._sequence) |
There was a problem hiding this comment.
Поскольку это абстрактный класс, то методов здесь не должно быть
| raise ValueError("Invalid sequence for the given type.") | ||
| self._sequence = sequence | ||
|
|
||
| @abstractmethod |
There was a problem hiding this comment.
Насколько я понимаю, декоратор @abstract должен быть перед def init
There was a problem hiding this comment.
Да, тут вообще все методы должны быть абстрактными
| valid_amino_acids = {'A', 'R', 'N', 'D', 'C', 'Q', 'E', 'G', 'H', 'I', | ||
| 'L', 'K', 'M', 'F', 'P', 'S', 'T', 'W', 'Y', 'V'} | ||
| return all(amino_acid in valid_amino_acids for amino_acid in sequence) |
There was a problem hiding this comment.
Можно было добавить ситуацию когда подаются не заглавные буквы, например c помощью set:
unique_chars = set(seq)
single_letter = set('GALMFWKQESPVICYHRNDTgalmfwkqespvicyhrndt')
| def is_valid(self, sequence: str) -> bool: | ||
| return all(nucleotide in {'A', 'C', 'G', 'T'} for nucleotide in sequence) |
There was a problem hiding this comment.
То же самое про заглавные и строчные буквы, можно добавить такую проверку:
nucleotides_dna = set('ATGCatgc')
nucleotides_rna = set('AUGCaugc')
Review MRPS7