Review NPAS1 #43
Review NPAS1 #43
Conversation
|
|
||
|
|
There was a problem hiding this comment.
Здесь можно было написать функцию, которая осуществляет трансляцию. Вероятно, Вы просто не успели что-либо написать в этом классе.
| @abstractmethod | ||
| def __len__(self): | ||
| pass | ||
|
|
||
| @abstractmethod | ||
| def __getitem__(self, index): |
| gc_content = gc_count / total_count if total_count > 0 else 0 | ||
| return gc_content * 100 if as_percentage else gc_content |
There was a problem hiding this comment.
Круто, что не забыли про пустые строки и деление на ноль!
| rna_seq = "" | ||
| for aa in self.sequence: | ||
| codon = choice(AA_CODON_DICT[aa]) | ||
| rna_seq += codon | ||
| return rna_seq |
There was a problem hiding this comment.
А, Вы решили восстанавливать мРНК, тоже хорошая идея.
| if gc_bounds[0] <= gc_percent <= gc_bounds[1] and \ | ||
| length_bounds[0] <= seq_len <= length_bounds[1] and \ |
There was a problem hiding this comment.
Можно было бы еще учесть. что gc_bounds и length_bounds может подаваться одно число, являющееся верхней границей.
There was a problem hiding this comment.
Даже не можно а нужно :)
| output_filename = input_path.split("/")[-1] | ||
| else: | ||
| output_filename = output_filename + ".fastq" |
There was a problem hiding this comment.
Если в input_path уже написано расширение у файла, то он к этому расширению добавит ".fastq". Также некоторые операционные системы могут не понять "/".
Кажется, лучше сплитовать по ".", брать элемент с индексом 0 и добавлять к нему ".fasta". Тогда output файл будет сохранен в той же папке с одним расширением.
There was a problem hiding this comment.
Верное замечание. А вообще чтобы было универсально можно использовать basename
| return self.sequence[index] | ||
|
|
||
| def complement(self): | ||
| return ''.join(self.COMPLEMENT_DICT.get(base, base) for base in self.sequence) |
There was a problem hiding this comment.
Круто написано.
Можно было бы еще учесть, что на вход подается РНК.
| def complement(self): | ||
| return ''.join(self.COMPLEMENT_DICT.get(base, base) for base in self.sequence) | ||
|
|
||
| def gc_content(self, as_percentage=False): |
There was a problem hiding this comment.
Здорово, что есть вариант с процентами "as_percentage".
There was a problem hiding this comment.
Доброе утро! Поздравляю с прошедшим междунородным днем проверки второй домашки!
Работа хорошая!
Концептуально на мой взгляд все верно. Докстринги есть, это хорошо. Немного обидно, что некоторые методы возвращают не свой класс, а str. Еще по удобству чтения кода: мне кажется, читать аннотацию типов из докстрингов не так удобно, как из самих аргументов функции (ну хотя подцветки синтаксиса нет), да и автопроверки это тоже делают оттуда, поэтому я бы все-таки добавил их при объявлении функции
| if gc_bounds[0] <= gc_percent <= gc_bounds[1] and \ | ||
| length_bounds[0] <= seq_len <= length_bounds[1] and \ | ||
| mean_offset >= quality_threshold: |
There was a problem hiding this comment.
| if gc_bounds[0] <= gc_percent <= gc_bounds[1] and \ | |
| length_bounds[0] <= seq_len <= length_bounds[1] and \ | |
| mean_offset >= quality_threshold: | |
| if ( | |
| gc_bounds[0] <= gc_percent <= gc_bounds[1] | |
| and length_bounds[0] <= seq_len <= length_bounds[1] | |
| and mean_offset >= quality_threshold | |
| ): |
Есть такой ЛаЙфХаК, хотя твой способ не осуждаю (но этот имо аккурпатнее)
There was a problem hiding this comment.
Согласен, со скобочками по-мне выглядит покрасивше, хотя наверное в этом случае лучше оставлять and в конце строки
но хз
| mean_offset >= quality_threshold: | ||
| filtered_seqs.append(record) | ||
|
|
||
| if output_filename is None: |
| filtered_seqs.append(record) | ||
|
|
||
| if output_filename is None: | ||
| output_filename = input_path.split("/")[-1] |
There was a problem hiding this comment.
Я бы предложил для таких проверок использовать всё-таки библиотечки типа os или pathlib
| if output_filename is None: | ||
| output_filename = input_path.split("/")[-1] | ||
| else: | ||
| output_filename = output_filename + ".fastq" |
There was a problem hiding this comment.
У меня очень смешанные ощущения от этого места, с одной стороны наказывать забывчивых перезаписью фастку, но если присмотреться, то она запишет в файл с двумя расширениями, в общем я не понял, это баг или фича.....
| if not self.alphabet_checking(): | ||
| raise ValueError("Invalid characters in the sequence.") | ||
|
|
||
| @abstractmethod |
There was a problem hiding this comment.
Круто, что ты делаешь самостоятельно эти базовые методы
| return self.sequence[index] | ||
|
|
||
| def complement(self): | ||
| return ''.join(self.COMPLEMENT_DICT.get(base, base) for base in self.sequence) |
There was a problem hiding this comment.
Хотя это и немного странно, что он вернет сам себя, как будто немного неинтуитивное поведение
| return ''.join(self.COMPLEMENT_DICT.get(base, base) for base in self.sequence) | ||
|
|
||
| def gc_content(self, as_percentage=False): | ||
| gc_count = self.sequence.count('G') + self.sequence.count('C') |
There was a problem hiding this comment.
count в этом случае пробежится два раза, если будет длинная последовательность может быть неприятно.
| TRANSCRIBE_DICT = { | ||
| 'T': 'U', | ||
| 't': 'u' | ||
| } |
| return f"{self.__class__.__name__}('{self.sequence}')" | ||
|
|
||
| def alphabet_checking(self): | ||
| if not set(self.sequence) <= set(type(self).ALPHABET): |
| return self.sequence[index] | ||
|
|
||
| def complement(self): | ||
| return ''.join(self.COMPLEMENT_DICT.get(base, base) for base in self.sequence) |
There was a problem hiding this comment.
| return ''.join(self.COMPLEMENT_DICT.get(base, base) for base in self.sequence) | |
| return self.__class__(''.join(self.COMPLEMENT_DICT.get(base, base) for base in self.sequence)) |
можно как-то так попробовать, а то результат выполнения возвращает строку, что не совсем хорошо
There was a problem hiding this comment.
Чаще делают не self.__class__(...), а type(self)(...)
Review NPAS1