circlePlot

two methods for circlePlot

Circos

安装

• 直接从github下载使用
• 使用conda install conda install -c bioconda circos 我是使用conda的方法安装的。

配置

• circos我安装在conda下名为”WGBS”的环境里面；
• 安装完成后，配置housekeeping.conf文件，路径为/Data2/software/Miniconda3/envs/WGBS/etc/housekeeping.conf,将paranoid = yes改为paranoid = no;
• 同时因为数据条目比较多，需要将max_links和max_points_per_track大小从25000改为250000；

文件准备

• Karyogram文件，每个基因组需要单独配置；可以通过samtools faidx生成fai文件，再通过一下命令生成Karyogram文件。

  awk '{print "chr - "$1" "$1" 0 "$2" white"}' genome.fasta.fai > karyotype.txt

  参考：https://bioinf.cc/misc/2020/07/12/circos-histograms.html

• 需要绘制的数据，比如绘制每个样本的reads分布、snp的值等等。参考以下链接生成：https://bioinf.cc/misc/2020/07/12/circos-histograms.html

  less MT1.CG.txt
  
  # Chr     Start   End     Site_count
  # chr1    0       100000  0
  # chr1    100000  200000  0
  # chr1    200000  300000  0
  # chr1    300000  400000  0
  # chr1    400000  500000  0
  # chr1    500000  600000  0
  # chr1    600000  700000  0
  # chr1    700000  800000  0
  # chr1    800000  900000  0
  # chr1    900000  1000000 0
  # chr1    1000000 1100000 0
  

• 示例文件在Circos文件夹：(其中CG.txt结尾文件是我之前绘制甲基化 count分布的数据)

使用

• 配置config文件，可以根据我提供的示例config文件进行修改，文件名为"circos.allChromsome.conf";

• config文件重要参数说明：

  • 第一行：karyotype = /Data2/weigs/5.ForTest/92.circosTest/karyotype.txt 填写前面配置的karyotype.txt文件的绝对路径；

  • 49行-90行：填写前面生成的数据文件，务必要嵌套在<plots> </plots>里和<plot> </plot>里；

    • type：绘制的类型，可以是line, histogram, heatmap等
    • file：输入文件的绝对路径；
    • show：是否展示；
    • min：确定一个最小值，输入文件的第四行value如果小于min，则将该value改为min；
    • max：确定一个最小值，输入文件的第四行value如果小于max，则将该value改为max；
    • r1：表示某个样本绘图的外圈直径大小，r表示circle的直径；
    • r0：表示某个样本绘图的内圈直径大小，r表示circle的直径；
    • color：表示配色系统，上面截图是热图的配色；

• 运行命令：circos -conf circos.allChromsome.conf ；结果文件名默认为circos.png和circos.svg 注意生成结果后重命名，防止前后分析结果覆盖；

• 分析结果示例：

生成弧形结果，非圆形

• 很简单，修改一下karyotype.txt文件，仅保留染色体1的条目，同时karyotype.txt文件第六列可以根据自己需要绘制的大小自定义填写；示例文件可以参考"karyotype.onlyChr1.txt"；
• 同时修改config文件，在ideogram 条目中，将default改为900u(可以自调节大小测试)；第一行karyotype 注意修改为上一步生成的karyotype.onlyChr1.txt 文件的绝对路径；
• 运行命令circos -conf circos.onlyChr1.conf
• 分析结果示例：

circos 参数的说明：

https://zhuanlan.zhihu.com/p/45095532

Circlize

installation

conda install -c conda-forge r-circlize

脚本和示例文件

• 可以参考R脚本“Rscript.CG.r”，分析DNA甲基化CG位点count数的circlePlot图；

• 可以参考R脚本“Rscript.bed.r”，分析MeRIP-seq位点值的circlePlot图；

• 脚本和示例文件存放在文件夹"Circlize"

示例如如下：