V-Bio 药物发现平台

V-Bio 是一个面向药物设计与药物发现流程的计算平台，提供从任务提交、能力路由、集群调度到结果回传的一体化能力。仓库同时包含前端工作台与后端调度执行系统，支持在多台计算服务器上按能力组合部署（如 boltz2、alphafold3、protenix、pocketxmol、lead_opt）。

快速入口

• 首次部署（推荐）：docs/deployment/quick-start.md
• 微服务部署：docs/deployment/microservice-decoupling.md
• 单机全量安装（微服务版）：docs/deployment/single-node-all-apps.md 单机代码更新后可直接执行：bash deploy/scripts/rebuild_single_node_all_apps.sh
• 单机快速试跑（10条命令）：docs/deployment/single-node-10-commands.md
• 能力安装细节：docs/deployment/capability-installation.md
• Docker/systemd 模板：docs/deployment/docker-compose-systemd.md

仓库结构

backend/                 后端 API、调度、Celery worker、运行时
capabilities/            各能力实现（boltz2score / affinity / lead_optimization / pocketxmol / colabfold_server 等）
frontend/                V-Bio 前端平台（含 management API）
deploy/                  部署文件（Docker、systemd、脚本）
docs/                    部署、能力、接口文档
backend/scripts/         容器启动入口脚本（API/worker/monitor）

Docker 部署入口统一在 deploy/docker/，文件名统一使用 DOCKER_*。

部署原则

1. 计算节点只按各自 DOCKER_STACK_WORKER_*.env 声明的能力接任务。
2. 任务按能力队列路由（cap.*），不使用旧通用队列。
3. 中央节点与所有 worker 使用同一 BOLTZ_API_TOKEN。
4. 前端 frontend 只需要对接中央 API，无需感知计算节点细节。

最小上线流程

1. 部署中央节点（API + Redis + Monitor）。
2. 部署 GPU 节点并声明本机已安装能力。
3. 部署 CPU 节点（lead_opt）并配置 MMP 数据库。
4. 启动 frontend，指向中央 API。

完整可复制命令见：docs/deployment/quick-start.md

前端运行前置（Python venv）

frontend 的 management API 依赖 Python 环境。frontend/run.sh 默认会在以下路径查找虚拟环境：

• /data/V-Bio/venv
• frontend/venv

建议在仓库根目录创建：

cd /data/V-Bio
python3 -m venv venv
source ./venv/bin/activate
pip install -U pip
pip install -r requirements.txt

完成后即可使用：

bash frontend/run.sh start

前端 Copilot（协作聊天、列表分析、确认式任务计划、Affinity 文件上传入口）依赖 frontend 的 Node 依赖、supabase-lite 新增消息表，以及 management API 的 VBIO_TASK_CHAT_* 环境变量。详细配置见 frontend/README.md。

一键模板位置

• Docker 模板目录：deploy/docker/README.md
• 安装脚本目录：deploy/scripts/
• 单机全量服务一键重建：deploy/scripts/rebuild_single_node_all_apps.sh

验证接口

上线后先检查：

curl -H "X-API-Token: <TOKEN>" http://<CENTRAL_HOST>:5000/workers/capabilities
curl -H "X-API-Token: <TOKEN>" http://<CENTRAL_HOST>:5000/workers/cluster_status

补充文档

• 能力文档目录：docs/capabilities/README.md
• worker 能力接口：docs/apis/worker_capability_api.md
• 后端工程结构：docs/architecture/backend_structure.md