Chore: remove the links

R/plotting.R

@@ -21,12 +21,14 @@
 #' @return Un `plot` o mapa por departamentos o municipios con el número de
 #' casos o incidencia de un evento o enfermedad específica.
 #' @examples
-#' \dontrun{
+#' \donttest{
 #' data(dengue2020)
 #' data_limpia <- limpiar_data_sivigila(dengue2020)
 #' data_estandar <- estandarizar_geo_cods(data_limpia)
 #' # Mapa por departamentos
-#' data_espacial <- agrupar_dpto(data_event = data_estandar)
+#' geo_ocurrencia <- obtener_tip_ocurren_geo(nombre_event = "dengue")
+#' data_espacial <- agrupar_dpto(data_event = data_estandar,
+#'                               geo_ocurrencia[1:4])
 #' plot_map(
 #'   data_agrupada = data_espacial,
 #'   col_distribucion = "casos"

README.Rmd

@@ -40,8 +40,7 @@ Javeriana](https://www.javeriana.edu.co/inicio) como parte de la iniciativa [Epi
 
 La versión actual de *sivirep* 1.0.0 proporciona funciones para la
 manipulación de datos y la generación de reportes automatizados basados
-en las bases de datos individualizadas de casos de
-[SIVIGILA](https://portalsivigila.ins.gov.co/),
+en las bases de datos individualizadas de casos de SIVIGILA,
 que es el sistema oficial de vigilancia epidemiológica de Colombia.
 
 ## Exclusión de responsabilidad
@@ -53,10 +52,9 @@ El uso de esta librería, así como de los datos, reportes generados y otros pro
 América Latina ha progresado en la calidad de sus sistemas de
 notificación y vigilancia epidemiológica. En particular, Colombia ha
 mejorado a lo largo de los años la calidad, la accesibilidad y la
-transparencia de su sistema oficial de vigilancia epidemiológica,
-[SIVIGILA](https://portalsivigila.ins.gov.co/).
-Este sistema está regulado por el [Instituto Nacional de
-Salud](https://www.ins.gov.co/Paginas/Inicio.aspx) de Colombia y es operado por miles de
+transparencia de su sistema oficial de vigilancia epidemiológica, SIVIGILA.
+Este sistema está regulado por el Instituto Nacional de
+Salud de Colombia y es operado por miles de
 trabajadores de la salud en las secretarías de salud locales, hospitales
 y unidades primarias generadoras de datos.
 
@@ -150,21 +148,29 @@ library(sivirep)
 ```
 
 Puedes revisar las enfermedades y los años disponibles para su descarga
-de forma libre utilizando el comando:
+de forma libre utilizando los comandos:
 
-```{r list-events-ms, results = 'hide'}
+```{r list-events-ms, eval = FALSE}
 lista_eventos <- list_events()
 knitr::kable(lista_eventos)
 ```
 
 `r paste0("<blockquote style=", '"color: #333; cursor:pointer;"', "><details><summary>🦠<b>Listado de enfermedades (haz clic para ver)</b></summary><br>")`
 
 ```{r list-events-rs, echo = FALSE}
-knitr::kable(lista_eventos,
+lista_eventos <- NULL
+tryCatch({
+  lista_eventos <- list_events()
+  knitr::kable(lista_eventos,
              col.names = c("Codigo", "Enfermedad", "Año"),
              row.names = FALSE, align = "l")
+}, error = function(e) {
+  lista_eventos <- NULL
+})
 ```
 
+`r if (is.null(lista_eventos)) { paste0("<ul><li><a class=", '"external-link"',  " href=", '"https://epiverse-trace.github.io/sivirep/articles/resources.html#enfermedades-y-a%C3%B1os-disponibles-para-su-descarga"', ">Enfermedades</a></li></ul>")}`
+
 `r paste0("</details></blockquote>")`
 
 ## Reporte automatizado

README.md

@@ -23,9 +23,8 @@ iniciativa [Epiverse](https://data.org/initiatives/epiverse/).
 
 La versión actual de *sivirep* 1.0.0 proporciona funciones para la
 manipulación de datos y la generación de reportes automatizados basados
-en las bases de datos individualizadas de casos de
-[SIVIGILA](https://portalsivigila.ins.gov.co/), que es el sistema
-oficial de vigilancia epidemiológica de Colombia.
+en las bases de datos individualizadas de casos de SIVIGILA, que es el
+sistema oficial de vigilancia epidemiológica de Colombia.
 
 ## Exclusión de responsabilidad
 
@@ -42,11 +41,10 @@ América Latina ha progresado en la calidad de sus sistemas de
 notificación y vigilancia epidemiológica. En particular, Colombia ha
 mejorado a lo largo de los años la calidad, la accesibilidad y la
 transparencia de su sistema oficial de vigilancia epidemiológica,
-[SIVIGILA](https://portalsivigila.ins.gov.co/). Este sistema está
-regulado por el [Instituto Nacional de
-Salud](https://www.ins.gov.co/Paginas/Inicio.aspx) de Colombia y es
-operado por miles de trabajadores de la salud en las secretarías de
-salud locales, hospitales y unidades primarias generadoras de datos.
+SIVIGILA. Este sistema está regulado por el Instituto Nacional de Salud
+de Colombia y es operado por miles de trabajadores de la salud en las
+secretarías de salud locales, hospitales y unidades primarias
+generadoras de datos.
 
 Sin embargo, todavía existen desafíos, especialmente a nivel local, en
 cuanto a la oportunidad y la calidad del análisis epidemiológico y de
@@ -144,7 +142,7 @@ library(sivirep)
 ```
 
 Puedes revisar las enfermedades y los años disponibles para su descarga
-de forma libre utilizando el comando:
+de forma libre utilizando los comandos:
 
 ``` r
 lista_eventos <- list_events()

cran-comments.md

@@ -4,4 +4,26 @@
 
 * This is a new release.
 
-* sivirep currently has its documentation, function names, and website in Spanish, as user testing in various regions of Colombia, such as the Chocó department, revealed that having these components in English posed a significant barrier. Many users in these areas are not proficient in English, which increases learning curves and limits the adoption of the tool. This package is expected to be used by Health Departments and Professionals throughout the country to facilitate the generation and access to epidemiological reports from SIVIGILA (National Public Health Surveillance System).
+* sivirep currently has its documentation, function names, and website in 
+  Spanish, as user testing in various regions of Colombia, such as the Chocó 
+  region, revealed that having these components in English posed a 
+  significant barrier. Many users in these areas are not proficient in English, 
+  which increases learning curves and limits the adoption of the tool. This 
+  package is expected to be used by Health Departments and Professionals 
+  throughout the country to facilitate the generation and access to 
+  epidemiological reports from SIVIGILA (National Public Health Surveillance 
+  System).
+
+## Resubmission
+
+This is a resubmission. In this version:
+
+* The links in the README file to the pages of Colombia's National Institute of
+  Health have been modified to avoid DNS or regional access issues.
+
+* The examples for the functions `import_data_event`, `list_events` and
+  `plot_year` are wrapped in a `dontrun` tag because they connect to the
+  SIVIGILA API. We have observed that, in some regions, it is not possible to
+  establish a connection with the API for security reasons. These functions
+  cannot be wrapped in a `try-catch` block, as this may lead confusion in our
+  users.

vignettes/sivirep.Rmd

@@ -29,16 +29,15 @@ library(sivirep)
 
 ## Descripción
 
-La versión actual de *sivirep* 0.0.2 proporciona funciones para la manipulación de datos y la generación de reportes automatizados basados en las bases de datos individualizadas de casos de
-[SIVIGILA](https://www.ins.gov.co/Direcciones/Vigilancia/Paginas/SIVIGILA.aspx), el sistema oficial de vigilancia epidemiológica de Colombia.
+La versión actual de *sivirep* 0.0.2 proporciona funciones para la manipulación de datos y la generación de reportes automatizados basados en las bases de datos individualizadas de casos de SIVIGILA, el sistema oficial de vigilancia epidemiológica de Colombia.
 
 ## Exclusión de responsabilidad
 
 El uso de esta librería, así como de los datos, reportes generados y otros productos derivados de la misma, se realiza bajo la responsabilidad exclusiva del usuario. Ni los autores de la librería, ni la Pontificia Universidad Javeriana, ni la fuente de información asumen responsabilidad alguna por los resultados obtenidos o el uso que se haga de dichos productos.
 
 ## Motivación
 
-América Latina ha progresado en la calidad de sus sistemas de notificación y vigilancia epidemiológica. En particular, Colombia ha mejorado a lo largo de los años la calidad, la accesibilidad y la transparencia de su sistema oficial de vigilancia epidemiológica, [SIVIGILA](https://portalsivigila.ins.gov.co/). Este sistema está regulado por el [Instituto Nacional de Salud](https://www.ins.gov.co/Paginas/Inicio.aspx) de Colombia y es operado por miles de trabajadores de la salud en las secretarías de salud locales, hospitales y unidades primarias generadoras de datos.
+América Latina ha progresado en la calidad de sus sistemas de notificación y vigilancia epidemiológica. En particular, Colombia ha mejorado a lo largo de los años la calidad, la accesibilidad y la transparencia de su sistema oficial de vigilancia epidemiológica, SIVIGILA. Este sistema está regulado por el Instituto Nacional de Salud de Colombia y es operado por miles de trabajadores de la salud en las secretarías de salud locales, hospitales y unidades primarias generadoras de datos.
 
 Sin embargo, todavía existen desafíos, especialmente a nivel local, en cuanto a la oportunidad y la calidad del análisis epidemiológico y de los informes epidemiológicos. Estas tareas pueden requerir una gran cantidad de trabajo manual debido a limitaciones en el entrenamiento para el análisis de datos, el tiempo que se requiere invertir, la tecnología y la calidad del acceso a internet en algunas regiones de Colombia.
 
@@ -102,19 +101,27 @@ library(sivirep)
 Puedes revisar las enfermedades y los años disponibles para su descarga
 de forma libre utilizando el comando:
 
-```{r list-events-ms, results = 'hide'}
+```{r list-events-ms, eval = FALSE}
 lista_eventos <- list_events()
 knitr::kable(lista_eventos)
 ```
 
 `r paste0("<blockquote style=", '"color: #333; cursor:pointer;"', "><details><summary>🦠<b>Listado de enfermedades (haz clic para ver)</b></summary><br>")`
 
 ```{r list-events-rs, echo = FALSE}
-knitr::kable(lista_eventos,
+lista_eventos <- NULL
+tryCatch({
+  lista_eventos <- list_events()
+  knitr::kable(lista_eventos,
              col.names = c("Codigo", "Enfermedad", "Año"),
              row.names = FALSE, align = "l")
+}, error = function(e) {
+  lista_eventos <- NULL
+})
 ```
 
+`r if (is.null(lista_eventos)) { paste0("<ul><li><a class=", '"external-link"',  " href=", '"https://epiverse-trace.github.io/sivirep/articles/resources.html#enfermedades-y-a%C3%B1os-disponibles-para-su-descarga"', ">Enfermedades</a></li></ul>")}`
+
 `r paste0("</details></blockquote>")`
 
 ## Reporte automatizado